土地承包经营权变更按照下列程序办理：
(1)承包方填写变更登记申请书。
(2)申请人持二轮延包合同书和《农村土地承包经营权证》。
(3)村委会在申请书上签字盖章。
(4)(发包方)证明材料，主要是已变更的农村土地承包合同。
(5)承包方将申请书、有关证明材料和《农村土地承包经营权证》，报送乡(镇)经管站审核。经审核后在登记簿上进行记载。
(6)由乡(镇)人民政府向市人民政府提出“变更登记”书面申请(后附有关材料一式两份)和承包户交回的《农村土地承包经营权证》。由市农业局经管站对乡镇人民政府报送的申请材料予以审核，符合规定的，在登记簿上进行记载。在原《农村土地承包经营权证》增减变动栏目填写增减变动地块名称及面积，并在证书上注明“变更”的字样。
【法律依据】
《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十五条，办理农村土地承包经营权变更申请应提交以下材料:
（一）变更的书面请求；
（二）已变更的农村土地承包合同或其它证明材料；
（三）农村土地承包经营权证原件。
《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十六条，乡（镇）人民政府农村经营管理部门受理变更申请后，应及时对申请材料进行审核。符合规定的，报请原发证机关办理变更手续，并在农村土地承包经营权证登记簿上记载。