保险公司不报的医药费应该由责任方进行偿付。 如果是车祸，则一般由责任认定肇事者承担赔偿责任；如果是工伤，根据我国法律规定，用人单位参加工伤保险后，社会保险经办机构应当按照工伤保险药品目录、诊疗目录报销工伤医疗费。
但是，对于超出工伤保险报销范围的部分，到底应当由谁承担，我国法律没有做出明确规定，部分法院以用人单位应当承担无过错责任为由，判决由用人单位来承担不能报销的部分；少数地方法院以用人单位已经尽到了缴纳工伤保险费的基本义务为由，由劳动者来承担不能报销的部分。
【法律依据】
《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其直系亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。
用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。