公司债务按照公司清算程序来处理。
《公司法》首先规定，公司被吊销营业执照属于公司解散的原因，并要求公司在解散事由出现之日起十五日内由股东组成清算组进行清算。
同时清算责任是股东在公司因被吊销营业执照而解散后的法定义务，必须履行，且此项义务属于全体股东，与股东的持股比例及是否实际控制公司无关。
《公司法》第一百八十六条 清算程序
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。 公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。 清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。
第一百八十七条 破产申请
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。 公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交给人民法院。
第一百八十八条 公司注销
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。