房屋拆迁是否有宅基地纠纷是不确定的，具体还要根据被拆迁房屋的具体情况来确定，并不是每一个房屋被拆迁的时候都会产生宅基地纠纷，有的房屋拆迁的时候不会产生宅基地纠纷，而有的就会产生相应的纠纷。
一、房屋拆迁是否有宅基地纠纷？
不确定，但是宅基地有纠纷不能进行拆迁，需要先解决好宅基地纠纷，再进行拆迁。宅基地归村集体所有，农民只享有使用权，不可以私自进行买卖，也不可以继承，宅基地上的房屋属于村民的个人财产，房屋所有人去世之后，可以由法定继承人继承。
在一般情形下，有纠纷且属于权属纠纷的房屋，不可以拆迁，为了公共利益的需要，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人(以下称被征收人)给予公平补偿。
农村的宅基地和房屋拆迁是分开补偿的，因为农村的宅基地产权是归村集体所有的，村民只享有使用权，在宅基地被征收之后，如果没有其他宅基地，村集体要重新给村民分配宅基地。
发生宅基地纠纷时，农民可以先与邻居进行协商，协商不成时请求村委会的介入调解，达成调解协议后，还可以申请司法确认最后可以寻求法律的帮助。首先，要确认自己对该块宅基地享有使用权，必须取得合法的宅基地使用权证书。其次，在处理宅基地上的纠纷问题时，不要仅凭与别人的口头协商，还要保留书面材料。第三，发生宅基地纠纷后，可寻找村委会先行调解，达成调解协议后可申请司法确认，尽量在基层把矛盾化解掉。最后上述途径不能解决纠纷的，就要拿起法律武器保护自身权益。
二、拆迁宅基地怎么补偿的?
1、宅基地拆迁补偿包括基地补偿费、房屋补偿费及装修费、安置费和搬迁费、困难补助和奖励、房屋内各项家电移机补偿、非住宅房屋营运损失补偿等，具体根据当地政府制定的补偿政策进行判断。
2、征用土地的，按照被征用土地的原用途给予补偿。征用耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。征用耕地的土地补偿费，为该耕地被征用前三年平均年产值的六至十倍。
3、征用耕地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征用的耕地数量除以征地前被征用单位平均每人占有耕地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征用前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征用耕地的安置补助费，最高不得超过被征用前三年平均年产值的十五倍。
宅基地存在纠纷，不可以进行拆迁，村民享有宅基地的使用权，但没有所有权。在农村对宅基地进行拆迁要给一定的补偿费，包括土地补偿费，征用安置费，地上种植的农作物的补偿费，搬迁费，困难补助费，奖励性补偿费，这些费用并没有统一的标准。
在被拆迁的房屋上是否存在宅基地纠纷是不确定的，但是如果存在宅基地纠纷的，行政机关就不可以对该房屋予以拆迁，要等到发生纠纷的双方当事人之间就主要的纠纷事项处理完毕之后才可以实施拆迁的行为，之后还需要向房屋产权人支付经济补偿金。