1999年市政府颁布深化房改综合配套改革的政策，并于2000年起实施，标志着住房制度改革已开始进入全面建立与社会主义市场经济相适应的住房新制度的转折阶段：一是进一步推进公有住房出售。通过加强售房政策咨询和宣传，简化售房操作程序，查处产权单位"惜售"行为，研究解决售房中反映出的政策性问题，促进了公有住房出售，满足了居民的购房要求。据统计，全年共出售公有住房55.98万套、建筑面积2975.04万平方米，形成了1994年以来的第二次购房高潮。至此，全市已累计出售公房136.4万套，7100万平方米，占可售公房的总量已达75%以上，大大提高了职工住房的自有率。
二是稳步推进公有住房租金改革。按地段和类型合理控制调整幅度，兼顾了居民的经济综合承受能力和职工的收入水平。2000年只对成套独用公有住房调整租金，提租的幅度为，甲乙地段25%，其他地段15%.提租后上海每平方米使用面积平均月租金为2.10元，缩小了租售比价，促进了公房出售。
三是开展廉租住房试点。制定《上海市城镇廉租住房试行办法》的配套性政策，并在长宁、闸北两区试点起步，积极探索适应改革发展、稳定大局、符合上海实际的最低收入家庭的住房保障制度。至年底，两区已完成廉租对象调查摸底、资金测算、登记公告等配租前的各项基础工作。四是深化住房分配制度改革。在停止住房实物分配的同时，根据机关住房分配制度改革方案及配套性实施办法，在、奉贤县、市人事局进行"空转"试点。