《房地产估价规范》第6.4.4条指出：“以划拨方式取得的土地使用权连同地上建筑物抵押的，评估其抵押价值时应扣除预计处分所得价款中相当于应缴纳的土地使用权出让金的款额……。”当然以划拨方式取得的土地使用权连同地上建筑物转让，评估其价值时也应扣除预计处分所得价款中相当于应缴纳的土地使用权出让金的款额。市估价中，拟拆迁房土地使用权多为划拨方式取得。而可比实例的土地使用权有不少又是出让方式取得的。土地使用权出让金如何计算或扣除，建议按下列文件的精神来操作。
一、住宅
福州市人民政府2006年10月31日榕政综(2006)235号《福州市人民政府关于印发福州市四土地使用权出让和划拨规费标准的通知》规定：“已购公有住房和经济适用房、安置房、集资房、单位自建房、榕政综〔1991〕112号文出台之前开发的商品房等涉及个人住房划拨土地使用权出让的，其地段差价为基准地价的10%;其他个人住房划拨土地使用权出让的，其地段差价为基准地价的30%。” 上述规定将福州市住房分为两类，前面六类房屋作一类，其他个人住房(一般指祖遗民房和个人自建房)作一类。而前面六类房基本上都是单元房。祖遗民房和个人自建房基本上都不是单元房。
1、单元房
土地使用权为出让方式取得的单元房，转让时自然不需要补交土地使用权出让金。土地使用权为划拨方式取得的单元房与出让方式取得的单元房，若其他条件相同(其他条件若不相同，可以在区域因素、个别因素中进行修正)，价格差为应向国家缴纳的土地使用权出让金。福州市国土资源局2004年7月28日颁发榕国土资综[2004]358号《关于分局办理涉及个人划拨土地使用权转让有关问题的通知》文件，该文件第二点指出：
“根据我市实际情况，个人住房上市交易涉及行政划拨土地转让补交土地出让金，按如下公式计算：
补交土地出让金(元)=相应级别土地的基准地价(元/平方米)×缴纳比例(10%)×出让土地面积(平方米)×年限修正系数
出让土地面积是指按交易房屋所在建筑物垂直投影占地面积分摊的土地面积。对交易房屋所在建筑物占地面积以外的公用部分土地面积的土地使用权归该楼房所有业主共有，仍保留原划拨方式使用。……”
(1)补交出让金的土地使用权面积的计算
该文件的上述规定说明，个人住房上市交易涉及划拨土地转让补交土地出让金的，只需缴纳交易房屋所在建筑物垂直投影占地面积分摊的土地面积应缴纳的土地使用权出让金，而不需要缴纳交易房屋所在建筑物占地面积以外的公用部分土地面积的土地使用权出让金。