在刑事案件中人民法院对于非法证据的排除流程是，被告方向人民法院提供相关证据证明存在非法取证的情形，人民法院对非法证据进行审查，在此过程中会告知公诉方，公诉方证明相关证据是合法的，然后由控辩双方进行质证、辩论，最后由法院进行处理。
一、刑事案件中法院如何排除非法证据?
1、程序启动。
在法庭调查过程中，被告人有权提出其审判前供述是非法取得的意见，并提供相关线索或者证据。
2、法庭初步审查
程序启动后，法庭应当进行审查。合议庭对被告人审判前供述取得的合法性没有疑问的，可以直接对起诉指控的犯罪事实进行调查;对供述取得的合法性有疑问的，则由公诉人对取证的合法性举证。
3、控方证明
公诉人应当向法庭提供讯问笔录、原始的讯问过程录音录像或者其他证据，提请法庭通知讯问时其他在场人员或者其他证人出庭作证，仍不能排除刑讯逼供嫌疑的，提请法庭通知讯问人员出庭作证，对该供述取得的合法性予以证明。
4、双方质证
公诉人举证后，控辩双方可以就被告人审判前供述的取得是否合法的问题进行质证、辩论。
5、法庭处理
法庭对被告人审判前供述的合法性问题作出裁定：如公诉人的证明达到确实、充分的程度，能够排除被告人审判前供述属非法取得的，法庭确认该供述的合法性，准许当庭宣读、质证;否则，法庭对该供述予以排除，不作为定案的根据。
二、排除非法证据的适用范围有哪些?
1、执法机关违反法定程序制作的调查收集的证据材料;
2、在超越职权或滥用职权时制作或提查收集证据材料;
3、律师或当事人采取非法手段制作或调查收集的证据材料;
4、执法机关以非法的证据材料为线索调查收集的其他证据。
三、刑事案件的证据需要符合哪些要求?
(一)定罪量刑的事实都有证据证明;
(二)据以定案的证据均经法定程序查证属实;
(三)综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
综上所述，非法证据的排除需要犯罪嫌疑人主动向法院提出，除了自述案件，公诉案件的证据是由公安机关调查收集的，如果公安机关在调查取证过程中有违法行为，正常情况下在人民检察院审查起诉阶段，犯罪嫌疑人就可以向检察院提出。