处理刑事案件时，退回侦查之后需要补充侦查，有两次的限制，超过两次依然不符合起诉条件的，需要做不起诉处理，补充侦查的机构有两个，可以是公安机构，也可以是人民检察院。
一、刑事案件法院退回侦查后怎么办?
退回侦查的话公安机构应当在一个月以内侦查完毕，然后再把案件移交到检察院，退回补充侦查的案件人民检察院会一并把刑事案件的卷宗材料及犯罪嫌疑人本身全部都退还给公安机构。如果公安机构在一个月之内没有完成补充侦查的工作，是无法对犯罪嫌疑人定罪量刑的。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机构补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。 对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
二、所有的案件都会被退回侦查吗?
刑事案件被退侦，说明证据不足，需要补充。不是所有的刑事案件都会退侦。如果办案单位办案质量过硬，一次通过的机率很大，检察院是不能给予退侦的。只有办案质量有问题，被检察院发现其中的疑点，案卷才会退侦。
刑事案件被退侦有可能取保，检察院决定退侦可以取保候审，检察院根据案情批准。取保候审，是指侦查部门责令犯罪嫌疑人提供担保人或交纳保证金并出具保证书，保证其不逃避或妨碍侦查，并随传随到的一种强制措施。它通常对犯罪较轻，不需要拘留、逮捕，但需要对其行动自由作一定限制的犯罪嫌疑人采用。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
刑事案件退侦之后需要补充侦查，并不是所有的案件都会被退侦，对于需要补充侦查的，主要是退回公安机构补充侦查或者由检察院自行侦查，补充侦查之后，检察院认为证据不足的，可做不起诉处理，退侦的期限是两次，超过两次也需要做不起诉处理。