刑事案件立案期限超期的处理，是需要根据刑事案件是否超过追诉期限来确定的，如果是超过追诉时效的，不再立案。需要注意的是，在我国的刑事案件的处理程序中，只要是行为人的犯罪事实清楚，并且是符合管辖的范围的，公安机关就应当立案侦查。
已过追诉时效的不予立案，或者立案后查明已过追诉时效的，应当撤销案件。
公安机关立案后，需要对案件进行侦察，立案超过两年后，如果是证据不足的话，那么公安机关可能会撤案，如果是已经到了检查机关，那么检查机关会决定不起诉，但如果案情清楚，并不能证明无罪的话，还是会继续侦察下去。
如果不立案有三种救济方式：一是向决定不予立案的公安机关申请复议;二是请求人民检察院予以立案监督;三是提起自诉。公安机关会视情况对其进行刑事拘留，三日提请检察院批捕，可以延长一至四日，检察院一般会在七日内决定是否批准逮捕，如果是流窜作案、结伙作案或多次作案的重大嫌疑分子，提请批捕的时候可以延长至一个月，也就是说刑事拘留一般是十多天，最长是三十七天。
我国刑法根据罪刑相适应原则，以犯罪的法定最高刑为标准，规定了4个档次的追诉时效。根据《刑法》第87条的规定，犯罪经过下列期限不再追诉：
1、定最高刑不满5年有期徒刑的，经过5年;
2、定最高刑为5年以上不满10年有期徒刑的，经过10年;
3、定最高刑为10年以上有期徒刑的，经过15年;
4、定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过20年。如果20年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。
根据上述规定，在确定具体犯罪的追诉时效的期限时，应当根据犯罪的性质、情节，分别适用刑法分则规定的相应条款或量刑幅度，按其法定最高刑进行计算追诉时效期限：
(1)在只规定一个量刑幅度的条文中，应依照该条文的法定最高刑确定追诉时效的期限。
(2)在一个条文中规定有两个以上不同的量刑幅度的，应按与其罪行相对应的条款的法定最高刑确定其追诉时效期限。
(3)如果所犯罪行应当适用的条款的法定最高刑确定其追诉时效的期限。
例外，是指规定以外的情形，即不受规定的约束，追诉时效的例外，是指犯罪人具备了法律规定的情形，则不受追诉时效的限制，任何时候刑法都应当追究其刑事责任的情形。
追诉时效的例外有两种情形：在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的不受追诉期限的限制被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，不受追诉期限的限制。
在日常生活中，如果犯罪行为人实施了犯罪行为，并且达到了刑事立案的标准的，此时行为人就是涉嫌刑事犯罪的，但是刑事案件是划分为自诉案件和公诉案件的，无论是我国的公诉案件，还是自诉案件，此时都是需要收集犯罪行为人的犯罪证据的。