不论是股东自愿转让股权还是由法院强制股东转让股权，对转让价格的确定都是股权转让中一个十分重要的方面。股东和受让方间对确定股权转让价格的方法常常不科学，并不能接近股权的价值和市场价格。确定股权转让价格的方法不同，将直接影响股权转让价格，从而影响公司、股东和受让方的利益。
实践中，确定股权转让价格通常有几种做法：
(1)将股东出资时股权的价格作为转让价格;
(2)将公司净资产额作为转让价格;
(3)将审计、评估价格作为转让价格;
(4)将拍卖、变卖价作为转让价格;
(5)也有采用其他方法来确定转让价格的。
上述几种方法，都有其可取之处，但也存在不足。将出资额和公司净资产额作为股权转让价格简单明了，便于计算和操作;审计、评估方法通过对公司会计账目、资产的清理核查，较能体现公司的资产状况;拍卖、变卖的方法引入了市场机制，在一定程度上能体现股权的市场价值。但是，公司的生产经营活动受经营者的决策及市场因素的影响较大，公司的资产状况处于一种动态变化之中，股东的出资与股权的实际价值往往存在较大差异，如对股东的股权未经作价以原出资额直接转让，这无疑混淆了股权与出资的概念;公司净资产额虽然反映了公司一定的财务状况，但由于其不体现公司资金的流转等公司运作的重要指数，也不能反映公司经营的实际情况;审计、评估能反映公司财产状况，也能对公司运作的大部分情况进行估算，却不能体现公司的不良资产率、公司发展前景等对股权价值有重要影响的因素;拍卖、变卖一般时间较紧，转让方和受让方常无法进行更多直接沟通。如不能很好理解和运用这几种方法，将造成股权的滥用，侵犯股东和公司的合法权益。