首先，自然人股东向企业提供贷款服务收取的利息收入：一是要缴纳增值税。自然人股东向企业提供借款属于贷款服务，收取的利息收入应当按贷款服务缴纳增值税。自然人股东按照小规模纳税人的政策缴纳增值税，利息收入适用3%征收率，现行政策减按1%缴纳增值税。二是附加税费。附加税费包括城建税、教育费附加、地方教育费附加。附加税费以实际缴纳的增值税税额为计税依据，以市区为例，城建税为7%，教育费附加为3%，地方教育费附加为2%，合计税率为12%。现行政策：附加税费可以享受减半征收的优惠。若增值税享受免税政策，附加税费也为0。三是个人所得税。自然人股东提供借款取得的利息收入，按照“利息、股息、红利所得”缴纳个人所得税，适用税率为20%，应交个人所得税=不含税利息收入×20%，由支付单位代扣代缴。
其次，自然人股东与被投资企业属于关联方关系，企业支付给自然人股东的利息支出，除应当索取发票外，还需要同时满足两个条件的部分准予在计算应纳税所得额时扣除：一是满足债资比的要求，债权性投资与其权益性投资比例不超过2：1，债权性投资即股东向公司提供的借款，权益性投资即股东向公司投入的实收资本；二是满足利率的要求，不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的利息费用，“同期同类贷款利率”是指贷款期限、贷款金额、贷款担保以及企业信誉等条件基本相同的情形下，金融企业提供的贷款利率，金融企业的选择方面，只要是本省的金融企业即可，利率可以是金融企业公布的同期同类平均利率，也可以是金融企业对某些企业提供的实际贷款利率。同时满足以上两个条件计算的利息部分，准予税前扣除，超过部分，不得税前扣除，在计算应纳税所得额时，需要在会计利润的基础上做纳税调增处理。
举例：自然人股东A向其投资的甲公司提供500万借款，A给甲公司的权益性投资为200万，借款协议约定的借款利率为12%，金融机构同期同类贷款利率为8%，甲公司可以税前扣除的利息费用为多少？根据债资比的要求，准予计算的借款为200×2=400万元，根据利率的要求，利率为8%，准予税前扣除的利息费用为：400×8%=32万元。甲公司账面上确认的财务费用为：500×12%=60万元，甲公司在计算应纳税所得额时，需要调增28（60-32）万元。