为贯彻落实党中央、国务院关于严格耕地保护的决策部署，自然资源部印发了《自然资源部农业农村部国家林业和草原局关于严格耕地用途管制有关问题的通知》（自然资发〔2021〕166号）明确：严禁新增占用永久基本农田建设畜禽养殖设施、水产养殖设施和破坏耕作层的种植业设施。
一、定义
根据自然资源部 农业农村部印发的《关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号）明确：设施农业用地包括农业生产中直接用于作物种植和畜禽水产养殖的设施用地。
其中，作物种植设施用地包括作物生产和为生产服务的看护房、农资农机具存放场所等，以及与生产直接关联的烘干晾晒、分拣包装、保鲜存储等设施用地；畜禽水产养殖设施用地包括养殖生产及直接关联的粪污处置、检验检疫等设施用地，不包括屠宰和肉类加工场所用地等。
二、政策沿革
2007年，国土资源部、农业部《关于促进规模化畜禽养殖有关用地政策的通知》（国土资发〔2007〕220号）指出，畜禽舍等生产设施及绿化隔离带用地，按照农用地管理，不需办理农用地转用审批手续；管理和生活用房、疫病防控设施、饲料储藏用房、硬化道路等附属设施，属于永久性建（构）筑物，其用地比照农村集体建设用地管理，需依法办理农用地转用审批手续，规模化畜禽养殖用地禁止占用基本农田。
2010年，国土资源部、农业部发布《关于完善设施农用地管理有关问题的通知》（国土资发〔2010〕155号）首次提出了设施农业用地分为生产设施用地、附属设施用地两大类，明确了相应的用地范围及标准、严禁占用基本农田规定，确定了设施农业用地由县级国土部门和农业部门负责备案。
2014年，国土资源部 农业部发布《关于进一步支持设施农业健康发展的通知》（国土资发〔2014〕127号），将设施农业用地分为生产设施用地、附属设施用地、配套设施用地，明确提出对于平原地区从事规模化粮食生产涉及的配套设施建设，选址确实难以安排在其他地类上、无法避开基本农田的，经县级国土资源主管部门会同农业部门组织论证确需占用的，可占用基本农田。
占用基本农田的，必须按数量相等、质量相当的原则和有关要求予以补划。各类畜禽养殖、水产养殖、工厂化作物栽培等设施建设禁止占用基本农田。再次重申设施农业用地报县级国土资源部门和农业农村部门备案。
2019年，自然资源部 农业农村部《关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号，以下简称4号文）明确指出，设施农业用地种植设施不破坏耕地耕作层的，可以使用永久基本农田，不需补划；破坏耕地耕作层，但由于位置关系难以避让永久基本农田的，允许使用永久基本农田但必须补划。
养殖设施原则上不得使用永久基本农田，涉及少量永久基本农田确实难以避让的，允许使用但必须补划。
要求各类设施农业用地规模由各省（区、市）自然资源主管部门会同农业农村主管部门根据生产规模和建设标准合理确定，其中，看护房执行“大棚房”问题专项清理整治整改标准，养殖设施允许建设多层建筑。
2020年，自然资源部办公厅《关于设施农业用地上图入库有关事项的通知》（自然资办函〔2020〕1328号）明确要求，自然资规〔2019〕4号文件出台后新建或在建的设施农业用地，原则上在2020年底前全部在设施农业用地监管系统上图入库；4号文件出台前已建的设施农业用地，原则上在2021年6月30日前全部上图入库。
2021年，自然资源部 农业农村部 国家林业和草原局《关于严格耕地用地管制有关问题的通知》（自然资发〔2021〕166号，以下简称166号文）明确：严禁新增占用永久基本农田建设畜禽养殖设施、水产养殖设施和破坏耕作层的种植业设施。自文件发布后，原则上新上的设施农业用地将不能再使用永久基本农田。
三、设施农用地管理
1、范围限定
根据是否直接用于农业生产，将设施农业用地分为生产设施用地、附属配套设施用地。将附属配套设施用地细分为种植类附属配套设施用地、养殖类（畜禽养殖、水产养殖）附属配套设施用地。
2、地类管理
《土地管理法》将土地按用途分类农用地、建设用地和未利用地三类。设施农业属于农业内部结构调整，归口农用地管理。
3、耕地占用
可以占用一般耕地，但应严格控制，同时要落实耕地“进出平衡”。根据166号文明确：对耕地转为其他农用地及农业设施建设用地实行年度“进出平衡”, 即除国家安排的生态退耕、自然灾害损毁难以复耕、河湖水面自然扩大造成耕地永久淹没外，耕地转为林地、草地、园地等其他农用地及农业设施建设用地的，应当通过统筹林地、草地、园地等其他农用地及农业设施建设用地整治为耕地等方式，补足同等数量、质量的可以长期稳定利用的耕地。
4、永农占用
166号文要求比4号文更为严苛，明确：严禁新增占用永久基本农田建设畜禽养殖设施、水产养殖设施和破坏耕作层的种植业设施。自文件发布后，原则上新上的设施农业用地将不能再使用永久基本农田。
根据《土地卫片执法图斑合法性判定规则》明确：占用永久基本农田建设畜禽养殖设施、水产养殖设施的；占用永久基本农田建设破坏耕作层的种植业设施的，判定为非粮化违法违规用地。
5、林地占用
设施农用地是自然资源部、农业农村部相关政策规定，占用林地的，需按林业管理规定办理使用手续。但国家林业和草原局办公室《关于生猪养殖使用林地有关问题的通知》（办资字〔2019〕163号）规定，生猪养殖使用林地保护利用规划中宜林地的，可以由养殖企业（户）与农村集体经济组织、林地承包方或经营单位签订租赁合同，报县级林业和草原主管部门备案，这部分宜林地按不改变林地用途使用，不占用林地定额。
养殖企业（户）从事养猪活动结束后，要及时恢复林业生产条件。生猪养殖确需使用除宜林地以外的其他林地，改变林地用途的，地方各级林业和草原主管部门要在依法依规的基础上，按照“放管服”改革要求，进一步简化使用林地审核手续，切实保障林地定额。为提高审批效率，省级林业和草原主管部门可以委托县级林业和草原主管部门办理生猪养殖使用林地手续。
6、审批管理
设施农用地实行备案管理，不需办理建设用地审批手续。设施农业用地由农村集体经济组织或经营者在签订土地使用合同后向乡镇政府备案，生猪养殖设施用地可由养殖场（户）与乡镇政府、农村集体经济组织通过协商并签订用地协议方式即可获得用地。
乡镇政府定期汇总情况后汇交至县级自然资源主管部门。涉及补划永久基本农田的，须经县级自然资源主管部门同意后方可动工建设。
7、上图入库
由县级自然资源主管部门以项目为单位，在取得用地、设施建成和变更三个阶段负责上图入库。其中县级自然资源主管部门在收到乡镇政府汇交的信息后，10个工作日内，将项目名称、位置等项目概况，以及用地总面积和地块坐标、使用农用地和耕地面积等情况在监管系统上图入库。涉及使用永久基本农田需要补划情形的，落实补划后10个工作日内将相关信息上图入库。
8、社会性质转变
各类设施农业用地规模由各省（区、市）自然资源主管部门会同农业农村主管部门根据生产规模和建设标准合理确定。
根据自然资源部办公厅《关于保障生猪养殖用地有关问题的通知》规定，生猪养殖圈舍、场区内通道及绿化隔离带等生产设施用地，根据养殖规模确定用地规模；增加附属设施用地规模，取消 15亩上限规定，保障生猪养殖生产的废弃物处理等设施用地需要。
9、看护房
看护房执行“大棚房”问题专项清理整治整改标准。即南方地区控制在“单层、15平方米以内”，北方地区控制在“单层、22.5平方米以内”，其中严寒地区控制在“单层、30平方米以内”（占地面积超过2亩的农业大棚，其看护房控制在“单层、40平方米以内”）。
10、可否多层
种植设施用地不能建多层建筑，否则可能出现新的“大棚房”。养殖设施允许建设多层建筑，但要符合相关规划、建设安全和生物防疫等方面要求。
11、用途管制
不得改变设施的性质和用途，特别是不能用于改建住宅、私家庄园、别墅，不能用于餐饮、娱乐、康养等经营性用途。
四、存在问题
设施农用地管理中经常存在以下问题：
1-选址随意性大，分布小、散、乱
2-破坏耕作层，有的甚至占用永久基本农田
3-缺乏系统的用地标准及建设标准
4-存在超范围使用和擅自改变用途等问题
5-与一二三产融合发展用地管理混淆
6-设施农用地后期监管缺位
7-违法违规使用认定难，查处难
8-设施农用地使用期限过短或者过长
1、改变用途
《土地卫片执法图斑合法性判定规则》明确：将原设施农业用地用于非农业建设的，应判定为新增非农建设违法用地。
不按规定使用土地的，擅自或变相将设施农业用地用于非农建设的，自然资源部门可依据《土地管理法》第七十七条查处。
《土地管理法》第七十七条 未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
《土地管理法实施条例》第五十七条 依照《土地管理法》第七十七条的规定处以罚款的，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。
2、占用耕地或永农
非法占用耕地或永久基本农田的设施农业项目，属于破坏农用地，适用《土地管理法》第七十五条。
《土地管理法》第七十五条 违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
《土地管理法实施条例》第五十五条 依照《土地管理法》第七十五条的规定处以罚款的，罚款额为耕地开垦费的5倍以上10倍以下；破坏黑土地等优质耕地的，从重处罚。
来源：农业农村部