医疗机构存在过错时，即使不构成医疗事故也是需要对患者进行赔偿的。医疗机构在治疗过程中存在过失但不构成医疗事故的，就不用按照医疗事故处理办法里面的相关规定来办理，可以使用民法通则的规定。
根据最高人民法院关于参照〈医疗事故处理条例〉审理医疗纠纷民事案件的通知第一条规定，条例施行后发生的医疗事故引起的医疗赔偿纠纷，诉到法院的，参照条例的有关规定办理;因医疗事故以外的原因引起的其他医疗赔偿纠纷，适用民法通则的规定。
民法通则第九十八条规定，公民享有生命健康权。
民法通则第一百一十九条规定，侵害公民身体造成伤害的，应当赔偿医疗费、因误工减少的收入、残废者生活补助费等费用;造成死亡的，并应当支付丧葬费、死者生前扶养的人必要的生活费等费用。