检察机关存疑不起诉是可以申请赔偿的。在我国的刑事案件的处理程序中，公安机关在对犯罪案件进行调查取证之后，是会移交检察院的，在我国的检察院审查起诉阶段，此时是会对证据进行调查的，如果证据不足的，一般是作出存疑不起诉的决定。
检察机关存疑不起诉是否赔偿？
存疑不起诉可以申请国家赔偿。存疑不起诉，是指检察院在行为人案件事实不清、证据不足的情况下，决定不起诉。在这种情况下，行为人被拘留属于无罪性质，当然可以要求国家赔偿，即国家侵权损害赔偿，这是国家对行使公共权利的侵权行为所造成的伤害承担赔偿责任的行为。国家赔偿的主要方式是支付赔偿金，财产能够返还或者恢复原状的，应当给予返还或者恢复原状。
检察院对存疑不起诉案件的赔偿可以由当事人直接申请国家赔偿，但必须符合国家赔偿的相关条件，另外，检察院还必须对相关案件进行认定后进行处理，如果在后期发现了证据可以支撑犯罪事实的，则立即追究相关刑事责任。
对于经检察机关作出存疑不起诉的决定的，应视为对案件作出的无罪的决定，按照法律规定，应予赔偿。如果经过检察机关作出存疑不起诉的决定，被不起诉人已经获得国家赔偿的，但后来检察机关又发现新证据可以起诉，并且经法院认定为有罪，人民法院赔偿委员会应该撤销原决定，要求被不起诉人返还赔偿金。存疑不起诉是人民检察院在审核相应的证据后，发现证据不足，可以退回侦查机关补充侦查，对于经过补充侦查的案件，检察机关仍然认为证据不足的，可以以案件存有疑点不予起诉。
证据不足不起诉同案犯会留下案底吗?存疑不起诉不会留下案底。案底只能由人民法院依法判决,但是如果确实构成犯罪的,人民法院判决生效以后,会有案底。存疑不起诉说明行为人并未被法院定罪,也就是无罪之人,自然没有案底的。
被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：
1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。
2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十五条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
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