股权转让何时生效在原公司法实施期间有不同的理解，这次公司法的修改虽然没有明确这一问题，但是根据新公司法第三十三条第二款、第三款 “记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。公司应当将股东的姓名或者名称及其出资时间向公司登记机关登记;登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人” 的规定，我认为有限责任公司的股权转让应从变更股东名册起生效。
股东转让出资后，可能出现股东名册与公司记载之间不一致的情况，对此公司应当及时办理变更登记，保持股东名册与公司登记之间的一致性。如果没有经过登记，或者没有及时办理变更登记，则不得对抗第三人，即第三人通过受让出资等方式成为公司股东并记载于股东名册后，如果没有在公司登记机关办理相关登记的，不能主张该第三人的股东资格无效。
有人认为股权转让的生效时间应从办理工商变更登记之日起生效，依据是国家工商局在关于股权转让有关问题的答复(工商企字[2000]第262号)“股东转让股权，出让人与受让人签订转让协议后，受让人直接支付出让人已缴付的出资额，不必再向公司重新入资，经公司变更登记后成为公司股东”的规定。我认为依据这一规定认定股权转让的生效时间是不妥的，理由有二：1、股权转让是当事人之间依双方的约定而产生的民事法律行为，是双方之间订立的合同，根据我国合同法第四十四条和最高人民法院关于适用〈合同法〉若干问题的解释第四条的规定，只有法律、行政法规才有权规定合同应当办理批准、登记手续后生效。现在在我国立法中，还没有有限责任公司股东转让股权，要在办理工商变更登记手续后才能生效的规定，国家局的文件不是法律、行政法规。2、国家局的关于股权转让问题的答复规定与新公司法第三十三条第二款的规定即“记载于股东名册的股东，可以依股东名册行使股东权利” 相悖，根据法律文件的位阶和新旧，现在应不予执行。