1、认定非法行医罪，核心在于认定非法行医行为，即擅自从事医疗活动的行为。具体包括：
(1)利用巫术、封建迷信行医。行为人大多不懂医术，有些略微懂一点医学常识，主要是凭烧香、念经、看手相以及各种封建迷信方式愚弄就诊人。
(2)利用气功行医。气功对某些疾病有一定的疗效，但有些人根本不懂气功，却号称自己的气功如何了得，挂牌行医，骗取钱财。
(3)利用现代仪器进行非法医疗活动。如利用电脑为人诊断病情，开具处方。
(4)非医疗机构超越服务范围进行医疗活动。如一些不具备外科整形手术资格的美容医院，擅自开展医学整容活动。
(5)具备一定医学知识的人擅自开办诊所，进行医疗活动。这类人员一般经过一定的医疗培训，有些已经行医多年，有些甚至曾经在合法的医疗机构依法进行过医疗活动，但在其擅自开办诊所期间没有医师执业证或其所开办的诊所没有“医疗机构执业许可证”。
(6)利用非法行医的手段推销产品。如有些厂家雇佣没有医师执业证的人在公共场合以医生的身份向人介绍产品，并为人诊断病情，开具处方，推荐患者使用该厂家的产品。
2、认定非法行医罪，其擅自从事医疗活动的行为，须达到“情节严重”的程度。所谓“情节严重”，是指：
(1)造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的;
(2)造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的;
(3)使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的;
(4)非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的;
(5)其他情节严重的情形。
公安机关、人民检察院对非法行医罪的立案标准
最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件
立案追诉标准的规定(一)
第五十七条 [非法行医案(刑法第三百三十六条第一款)]未取得医生执业资格的人非法行医，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
(一)造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或者死亡的;
(二)造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的;
(三)使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的;
(四)非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的;
(五)其他情节严重的情形。
具有下列情形之一的，属于本条规定的“未取得医生执业资格的人非法行医”：
(一)未取得或者以非法手段取得医师资格从事医疗活动的;
(二)个人未取得《医疗机构执业许可证》开办医疗机构的;
(三)被依法吊销医师执业证书期间从事医疗活动的;
(四)未取得乡村医生执业证书，从事乡村医疗活动的;
(五)家庭接生员实施家庭接生以外的医疗活动的。
本条规定的“轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍”、“中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍”，参照卫生部《医疗事故分级标准(试行)》认定。
1、根据违法情节的轻重，划分情节轻微、情节较重和情节严重三个档次分别裁量，分别处以3万、7万和10万元的罚款。目前较多地市采取这种方法。
2、依据违法行为是否造成危害他人健康后果及后果的严重程度进行裁量。具体为：对于未造成危害他人健康后果的，处3万元罚款;对于违法行为造成了他人健康损害，并不严重的，处6万元罚款;对于违法行未造成他人严重健康损害的，处10万元罚款。
3、依据违法行为的持续时间来加以裁量。如对于实施非医师行医三个月以下的，处2万元罚款;违法行为持续时间每增加一个月，增加1万元罚款，最高不超过10万元。
4、依据违法所得进行裁量。如通过对非法行医获得的违法所得进行认定后，结合执法实践，将违法所得进行划定不同的范围，依据违法所得由低至高给予不同金额的罚款处罚。即，违法所得5000元以下的，处2万元罚款，违法所得每增加5000元，罚款增加1万元，最高不超过10万元。