公司恶意扣除员工工资的处理办法如下：
1、劳动者因被扣除工资发生争议时，应先向用人单位提出支付的要求，主动与用人单位沟通协商
2、在劳动争议发生后，劳动者可向劳动争议调解委员会提出请求，要求其主持调解
3、在无法与用人单位协商或者经协商仍无效时，劳动者可以在劳动关系终止之日起1年内提起仲裁。
劳动者在拖欠工资的维权中需注意什么
1、要确认和单位之间的劳动关系的事实，如工资单，考勤记录，工作过程中的文件记录；
2、确认劳动关系后，对于单位拖欠工资的违法行为，可与老板协商，要求单位补发工资；
3、如果协商不成，带好相关资料到劳动局投诉，或者直接到单位所在地的劳动仲裁委提出劳动仲裁；
4、如果拖欠工资数额比较大的话，可以直接请律师打官司，通过诉讼的方法来要回被拖欠的工资。
：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。 2023-03-17 16:41:07
