1.公安机关提出没收意见
公安机关认为有符合没收条件规定情形的，应当写出没收违法所得意见书，移送检察院。
2.检察院对没收意见的审查处理
对于公安机关移送的没收违法所得案件，经审查认为不符合刑诉法规定条件的，应当作出不提出没收违法所得申请的决定，并向公安机关书面说明理由;认为需要补充证据的，应当书面要求公安机关补充证据，必要时也可以自行调查。
公安机关补充证据的时间不计入检察院办案期限。
在审查公安机关移送的没收违法所得意见书的过程中，在逃的犯罪嫌疑人、被告人自动投案或者被抓获的，检察院应当终止审查，并将案卷退回公安机关处理。
对启动没收程序的监督：检察院发现公安机关应当启动违法所得没收程序而不启动的，可以要求公安机关在7日以内书面说明不启动的理由，经审查，认为公安机关不启动理由不能成立的，应当通知公安机关启动程序。
检察院提出没收申请的要求：应当制作没收违法所得申请书。
没收违法所得的申请应当提供与犯罪事实、违法所得相关的证据材料，并列明财产的种类、数量、所在地及查封、扣押、冻结的情况。
3.管辖法院、审理组织
没收违法所得的申请，由犯罪地或者犯罪嫌疑人、被告人居住地的中级人民法院组成合议庭进行审理。
4.法院对没收违法所得申请的审查处理
对没收违法所得的申请，法院应当在7日内审查完毕，并按照下列情形分别处理：
不属于本院管辖的，应当退回人民检察院;
材料不全的，应当通知人民检察院在3日内补送;
属于违法所得没收程序受案范围和本院管辖，且材料齐全的，应当受理。
检察院尚未查封、扣押、冻结申请没收的财产或者查封、扣押、冻结期限即将届满，涉案财产有被隐匿、转移或者毁损、灭失危险的，法院可以查封、扣押、冻结申请没收的财产。
5.公告
6.保全措施
法院在必要的时候，可以查封、扣押、冻结申请没收的财产。
犯罪嫌疑人、被告人死亡，现有证据证明存在违法所得及其他涉案财产应当予以没收的，公安机关、检察院可以进行调查。公安机关、检察院进行调查，可以依法进行查封、扣押、查询、冻结。
7.处理方式
法院经审理，对经查证属于违法所得及其他涉案财产，除依法返还被害人的以外，应当裁定予以没收;对不属于应当追缴的财产的，应当裁定驳回申请，解除查封、扣押、冻结措施。
对申请没收违法所得的案件，法院审理后，应当按照下列情形分别处理：
案件事实清楚、证据确实、充分，申请没收的财产确属违法所得及其他涉案财产的，除依法返还被害人的以外，应当裁定没收。
已经没收的财产，应当及时返还;财产已经上缴国库的，由原没收机关从财政机关申请退库，予以返还;原物已经出卖、拍卖的，应当退还价款;造成犯罪嫌疑人、被告人及利害关系人财产损失的，应当依法赔偿。
行政机关没收违法所得怎样计算?《食品卫生法》中规定的没收违法所得的情形主要有两类：
一类是生产经营者的主体资格不合法;
一类是生产经营了不符合卫生标准或是禁止生产经营的食品。
在办理技术监督案件中，经查证属实后确认行政相对人有下列行为之一的，可以认定其全部经营额为违法所得、非法收人：
一是行政相对人故意违法的;
二是生产、销售、进口的产商品属于劣质品，即危及人体健康，人身、财产安全，或主要性能指标达不到标准规定要求，失去原有使用价值等情况的;
三是法律、法规、规章明确规定对商品予以没收，或监督销毁的。
数额的认定与计算
要准确计算违法所得数额，首先必须弄清违法所得与相关概念的区别，以免计算错误;其次，应该是查证属实的违法财物，故调查取证应该全面准确。
计算违法所得时，不能凭主观印象，必须查证属实。违法所得的调查取证应当坚持“全面调查、客观公正”的原则。要全面收集与违法所得相关的一切证据，认真听取当事人的意见和陈述，忠于事实真相，排除个人情感和外界因素的干扰。对于收集到的各类证据，包括书证、物证、证人证言、视听资料、当事人陈述、鉴定结论、勘测记录和现场记录都必须经过查证核实。在实际工作中特别要注意现场检查笔录、询问笔录的制作和原始材料收集保存。
由此可见，相关法律法规对违法所得也没有一致的说法，行政处罚法没有规定违法所得的认定及计算方式，其目的就在于违法主体、违法行为种类太多，同时违法的动机也不尽相同，因此行政处罚法赋予行政机关对违法所得的计算一定的自由裁量权。