建议先办理离婚登记，后去法院申请撤诉。
既然被告同意协议离婚了，那还等什么，赶紧起草离婚协议去民政局领取离婚证。防止对方反悔。领取离婚证之后，联系法官办理撤诉手续。
（备注：去民政局时，如果被问及是否起诉离婚，要答否，要不然可能会让去法院解决）
还有一种办法，
联系法官，让法官按照你们协议的内容出具调解书。如果协议内容合法，法官会出具调解书的，拿到调解书之后，就算离婚了，不需要再去民政局领取离婚证。
推荐阅读:如何离婚？这需要几个步骤。双方可以在自愿离婚的前提下在几天内离开。
调解书的好处是具有强制执行力，如果一方不履行调解书中的义务，另一方可以直接申请法院强制执行。
如果先撤诉，再去办理离婚证，万一撤诉之后对方又不同意离婚了呢？只能等到6个月之后才能再次起诉。
这种情况下就是被算计了。
法律依据：
《民事诉讼法司法解释》第二百一十四条
原告撤诉或者人民法院按撤诉处理后，原告以同一诉讼请求再次起诉的，人民法院应予受理。
原告撤诉或者按撤诉处理的离婚案件，没有新情况、新理由，六个月内又起诉的
，比照民事诉讼法第一百二十四条第七项的规定
不予受理。
婚姻律师
在多年代理诉讼离婚案件的过程中，通过法院解除婚姻关系的法律文书无非两种，即：离婚判决书与离婚调解书。有很多当事人在从法院领取了上述离婚文书后经常会问本
离婚律师
：“宋律师，拿到这个文书后就算离婚了吗？是不是还要去民政局领个离婚证啊？”
对于这个问题的回答当然是不用再去民政局领离婚证。这是因为我国离婚法律制度的设计上对于离婚的合法形式上只有两种，即协议离婚与
起诉离婚
，这两种方式都是有效的解除婚姻关系的手段。协议离婚的有效凭证就是民政局颁发的离婚证，诉讼离婚的有效凭证就是离婚判决书或离婚调解书。当然有很多当事人会考虑到
之后的再婚问题，毕竟再次结婚还是要去民政局登记的，没有民政局颁发的、标志前一次婚姻结束的离婚证心里总会有些忐忑。其实这种担心是完全没有必要的，因为法院出具的离婚判决书或离婚调解书同样具有确认已经离婚的法律效力，而且比离婚证很有可能具有更丰富的法律意义，比如
夫妻共同财产
的分割、子女抚养及离婚子女抚养费的负担等。再次结婚时向民政局出示判决书或调解书即可。
由此可见，当您从法院拿到生效的离婚判决书或离婚调解书后，没有必要也不可能再从民政局领到离婚证。
首先离婚有两种方式，一种是协议离婚，另一种是诉讼离婚。
协议离婚，双方需要两人到民政局办理，携带好两人的结婚证、双方身份证、户口本原件，同时起草好离婚协议书，离婚协议书中约定好共同财产如何处理，婚生子女如何抚养，抚养费如何支付。
诉讼离婚，首先我们需要先到法院立案，有管辖权的法院分以下几种：
（1）原则上是被告住所地法院起诉；（2）对在国外居住的人或者下落不明的人起诉离婚，可以在原告住所地或常住地法院起诉离婚；（3）一方若因刑事犯罪而被限制了人身自由，原告又在居住地生活一年以上者，可在原告居住地起诉离婚。
选择立案的法院后，我们携带立案材料到法院立案就可以，立案材料一般包括起诉书、身份证明、结婚证，夫妻感情破裂的证据材料；涉及到孩子抚养权的，要提供孩子的出生证明、抚养状况等；如果有夫妻共同财产需要进行分割的，那么需提交财产状况的证明材料。
如果第一次判决不离的话,过六个月后,仍然可以再次起诉,但过六个月并不是一成不变的,如果原告出现了新的理由,新的事实,也可以在六个月内起诉。
所以如果是第一次诉讼离婚只需要证明双方感情确已破裂即可起诉离婚，并不需要分居一年之后再起诉。